ご質問をいただきありがとうございます。
以下、講師からの回答をお伝えします。
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挙げていただいた点は、問題にならないと考えられます。

債権譲渡について禁止・制限特約がある場合でも、譲渡自体は有効だからです（466条2項）。そのため、「Bは悪意のため、A→B間の譲渡の有効性は通知時点では未確定」という処理は採らないだろうと考えられます。ここは、466条2項から、譲渡自体は有効と考えられるからです。